После победы над клонами Шреддера, черепашки пошли дальше. Они сразились с ниндзя-мистиками (земля, огонь, вода, ветер и металл), где Сплинтер ради победы взял меч Тэнгу без защитной перчатки (чего делать нельзя) и смог одолеть их, учитывая противоположность элементов: огонь плавит металл, вода гасит огонь, земля вбирает воду, ветер разбрасывает землю, а металл останавливает ветер благодаря своей тяжёлой массе. Потом черепашки уже были готовы драться с элитными ниндзя и Шреддером. Но они даже предположить не могли, что сумасшедший Бакстер Стокман (во плоти), превратится в настоящего киборга. Тем не менее, они готовы биться до конца, ведь теперь отступать нельзя.