Главные герои мультсериала – агенты особой секретной корпорации под названием «Люди в черном», которая была создана для контроля и регулирования деятельности инопланетных гостей на Земле. Они работают под покровительством неофициального правительства, и об их существовании не знает ни одна живая душа на планете. А все благодаря уникальному устройству, главная функция которого – стирание памяти.

Люди в черном всегда на страже порядка на Земле, именно они защищают нашу планету от вторжения инопланетных отбросов. Но это не значит, что пришельцам находится на ней категорически запрещено. Секретная организация вправе предоставлять политическое убежище гостям с других планет, но только если они пришли с миром.

Джей и Кей – агенты, работающие «в полях». Они незаметны в толпе, так как одеты во все черное: очки, костюм, туфли и даже галстук агенты носят черного цвета. Их задача – устранение конфликтных ситуаций и избавление землян от самых опасных инопланетян рецидивистов. Джея и Кей боятся все инопланетные преступники, и не напрасно. Агенты очень отважны, в совершенстве владеют оружием и разбираются во всех технических новинках.

Немного позже (в 3 сезоне) к их непобедимой команде присоединяется агент Эл. С его появлением у пришельцев совсем не остается шансов на осквернение нашей планеты. Но, тем не менее, остаются монстры, мечтающие покорить Землю. Смогут ли Люди в черном оградить свой «дом» от инопланетян и научить их жить по своим законам?