Этот мультсериал основывается на оригинальных комиксах Питера Лэрда и Кевина Истмэна. Черепашки мешают планам таинственного клана, тем самым встретив своего главного врага — Шреддера. Черепашки побывают в космосе, в Феодальной Японии, в 2105 году и даже в Кибер-Пространстве, чтобы вызволить своего учителя Сплинтера.